Die Gründung von Bayer 04 Leverkusen hängt direkt mit dem Bayer Konzern zusammen, wie vieles in der Bayer 04 Leverkusen Geschichte. Im Jahre 1903 erhielt die Firmenführung des Unternehmens einen Brief, der von 170 Mitarbeitern unterzeichnet wurde. Inhalt des Schreibens war die Beantragung eines firmeneigenen Sportclubs. Die Genehmigung erfolgte und am 1. Juli 1904 entstand der sogenannte 'Turn- und Spielverein der Farbenfabriken vormals Friedrich Bayer und Co.', kurz TuS 04.

Zunächst gab es keine Fussballabteilung, doch das Interesse an dieser Sportart nahm zu dieser Zeit rege zu. Der 31. Mai 1907 war für die Bayer 04 Leverkusen Geschichte sehr bedeutsam, denn an diesem Tag wurde die Sportart Fussball in den Verein integriert mit anfangs 23 Spielern.

Im Jahr 1923 veränderten sich die Vereinsstrukturen. Zwischen den Turnern und den Aktiven der übrigen Sportarten gab es Differenzen, somit kam es zur Aufspaltung. Während die Turner weiterhin im TuS 04 organisiert waren, entstand für die anderen Sportarten wie Fussball, Handball oder Boxen die Sportvereinigung Bayer 04 Leverkusen. Die Fussballabteilung vergrößerte sich zusehends und zählte zu diesem Zeitpunkt etwa 150 Mitglieder, die alle dem Bayer Konzern angehörten.