Die Gründung von Bayer 04 Leverkusen hängt direkt mit dem Bayer Konzern zusammen, wie vieles in der Bayer 04 Leverkusen Geschichte. Im Jahre 1903 erhielt die Firmenführung des Unternehmens einen Brief, der von 170 Mitarbeitern unterzeichnet wurde. Inhalt des Schreibens war die Beantragung eines firmeneigenen Sportclubs. Die Genehmigung erfolgte und am 1. Juli 1904 entstand der sogenannte 'Turn- und Spielverein der Farbenfabriken vormals Friedrich Bayer und Co.', kurz TuS 04.
Zunächst gab es keine Fussballabteilung, doch das Interesse an dieser Sportart nahm zu dieser Zeit rege zu. Der 31. Mai 1907 war für die Bayer 04 Leverkusen Geschichte sehr bedeutsam, denn an diesem Tag wurde die Sportart Fussball in den Verein integriert mit anfangs 23 Spielern.
Im Jahr 1923 veränderten sich die Vereinsstrukturen. Zwischen den Turnern und den Aktiven der übrigen Sportarten gab es Differenzen, somit kam es zur Aufspaltung. Während die Turner weiterhin im TuS 04 organisiert waren, entstand für die anderen Sportarten wie Fussball, Handball oder Boxen die Sportvereinigung Bayer 04 Leverkusen. Die Fussballabteilung vergrößerte sich zusehends und zählte zu diesem Zeitpunkt etwa 150 Mitglieder, die alle dem Bayer Konzern angehörten.
1931 stiegen die Fussballer in die 1. Kölner Bezirksliga auf. Das Jahr 1936 markiert einen Meilenstein in der Bayer Leverkusen Geschichte. Die Spieler von Bayer 04 stiegen in diesem Jahr in die 2. Liga West auf. Sie spielten das Spiel gegen Solingen 95, bei dem es um den Aufstieg ging, erstmals mit dem Bayer-Kreuz als Bayer 04 Leverkusen Logo auf der Brust.
Im Jahr 1951 schaffte der Club den Aufstieg in die damals höchste deutsche Spielklasse (Oberliga West) und Ende der 50er Jahre zog der Verein in das Ulrich-Haberland-Stadion um, die neue Spielstätte Leverkusens. Die 60er Jahre gehören nicht zu den Erfolgreichsten in der Bayer 04 Leverkusen Geschichte, denn zu dieser Zeit spielte der Verein vorwiegend zweitklassig.
Aufgrund fehlender Punkte wurder Bayer 04 nach der Gründung der Bundesliga 1963 nicht in die 1. Liga aufgenommen. Der Aufstieg in die Bundesliga erfolgte erst am 12. Mai 1979 durch ein Unentschieden (3:3) in einem aufregenden Spiel gegen den FC Bayer 05 Uerdingen unter dem Bayer Leverkusen Trainer Willibert Kremer, der die Mannschaft bis 1981 coachte.
Von da an spielte die Werkself ausschließlich in der 1. Liga ... bis heute. 1986 spielte der Verein erstmals im UEFA Cup, den sie zwei Jahre später, am 18. Mai 1988 im Elfmeterschießen gegen Espanyol Barcelona gewinnen konnten. Dies war ein historischer Moment in der Bayer Leverkusen Geschichte. Trainiert wurde Bayer 04 damals von Erich Ribbeck.
1993 gewann Leverkusen den DFB-Pokal gegen die Amateure von Hertha BSC Berlin mit 1:0. Entscheidender Torschütze war Ulf Kirsten, der von 1990 bis 2003 für Bayer spielte. Innerhalb von zwei Jahren ging es für das Team extrem auf und ab. In der Saison 1995/96 konnte der Abstieg gerade so vermieden werden und ein Jahr später erreichte der Bayer 04 Leverkusen Trainer Christoph Daum Rang 2 mit seiner Mannschaft.
Den Spitznamen 'Vizekusen' legte sich Leverkusen in den Jahren zwischen 2000-2002 zu. Mehrere Zweit- und Drittplatzierungen konnten in der Saison 2001/02 übertroffen werden. Bayer 04 Leverkusen wurde Vizemeister in der Bundesliga und verlor die Finalspiele im DFB-Pokal gegen Schalke 04 sowie das Champions League Finale in Glasgow gegen Real Madrid knapp mit 1:2. Trotz dieser enttäuschenden Niederlagen war die Saison 2001/02 eine Erfolgreiche in der Bayer 04 Leverkusen Geschichte mit guten Ergebnissen.
Nach schwankenden Platzierungen in den Folgejahren, konnte die Saison 2010/11 wieder sehr erfolgreich beendet werden. Leverkusen sicherte sich und seinen Fans einen souveränen zweiten Platz in der 1. Bundesliga. Doch eines würde der Club sicherlich gerne in seine Bayer Leverkusen Geschichte aufnehmen: den Gewinn der Deutschen Meisterschaft.